Я не специалист по разворачиванию Skype for business, но по опыту корпоративного мессенджера MyChat могу сказать, что это делается в два этапа:
1. Импорт AD-пользователей из домена в базу данных сервера. Обычно по LDAP.
2. Настройка прозрачной авторизации клиентов, чтобы Windows-юзеры не вводили свои логины и пароли.
Если домен не используется, есть вариант с автоматической регистрацией по Windows-логину, но тогда не получится всем быстро развернуть клиентскую часть через MSI пакет, ведь GPO недоступен без домена. Придётся придумывать что-то типа запуска клиентского приложения из командной строки.
