Как вам уже говорили невозможно не видя кода дать конкретный совет. Хотя один совет есть - переделывайте. Вот вам шаблон, в котором подвал всегда прижат к низу https://codepen.io/aliencash/pen/xdPpPa
Попробуйте внедрить это себе.
Этот "удобный top" перестает пересчитываться в какой-то момент резайза. Высота контента изменяется, а top остается фиксированным.
Кроме этого, вы нагружаете браузер лишними расчетами, когда задача решается вообще без js