В разработке -- там все сложно с обратной совместимостью, потому что парсер должен работать в совершенно другом режиме при загрузке модуля, то есть надо знать, в файле CJS это или ES6, прежде чем отдавать его парсеру.
Пока можно использовать babel-register. Я пишу пока без модулей, если соблюдать некоторые правила, то переход будет не очень сложным.