Влад: Объяснение Денис Инешин не противоречит этому. Вызывать jQuery можно двумя способами.
Но если у вас подключены библиотеки (или по какой то причине несколько версий jQuery), которые используют $, то для избежания конфликтов не остается ничего, кроме как использовать jQuery вместо $.
При этом некоторые CMS (например, Wordpress), загружают jQuery в режиме noconflict для минимизации возможных конфликтов со сторонними библиотеками.