Плюсы:
1) Комментарии хранятся и обрабатываются вне сайта, ниже нагрузка.
2) Удобная интеграция, единая экосистема, множество пользователей.
3) Гораздо удобнее администрирование, лучше борьба со спамом.
4) Пользователям не нужно думать над регистрацией, один профиль.
Минусы:
1) Читается не всеми поисковиками, падает ценность контента сайта.
2) Если с Disqus что-то случиться, никак не сможете повлиять на это.
3) Слабые возможности форматирования и редактирования комментария.
4) В комментариях внизу висит реклама их услуг, отключение платное.
5) Условно-бесплатная модель модель, в бесплатной многого нет.
6) Сервис оставляет за собой право забанить вас по любой причине.
7) Большинство пользователей не из России, поэтому мало внимания.
8) Случаются ошибки антиспама, мне как пользователю не приятно.