React изменяет DOM только в тех местах, в которых появились различия после нового вызова render. То есть если в Virtual DOM'е, который составил новый вызов render изменился лишь 1 атрибут в сравнении со старым вызовом, то изменится лишь этот атрибут. Все остальные изменения React проигнорирует. Следовательно, если вы не меняете через ref что-либо, что в том числе рассчитывается в render, то конфликтов не будет.