Один инфоблок, разделы и один компонент.
По поводу кучи свойств: собственно в комментах вам уже ответили что можно настроить вывод и в фильтре и в карточке товара, а также в админке (
https://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/?COURSE_I... ).
Есть более экстремальный вариант, если отойти от стандартной админки и сделать свои страницы добавления/удаления, то можно сделать так:
все свойства засунуть в одно JSON свойство и тогда проблем вообще не будет. Накидаете страницу для добавления/редактирования (не сложно это делается). Для фильтрации нужно будет поднять дополнительные READ-only таблицы (на каждую категорию), либо в RAM поднять кеш-базу (Redis например), в которой будут храниться значения свойств и идентификаторы записей. Вот такая безумная идея...