оптимизирует запросы yii2 автоматически
Что по Вашему оптимизация запросов и причем тут yii? Вопросы оптимизации относятся к базе данных: к тому как устроена Ваша база данных и как устроены Ваши запросы. yii тут вообще не причем
нужно делать вручную через JOIN?
во первых JOIN ни коем образом не относиться к оптимизации, а во вторых все зависит от того как Вы используете реляции: используете with - join не применяется, используете joinWith - join применяется