Для этого есть замечательная библиотека -
dotenv. Суть в том, что вы храните данные в отдельном файле .env, который добавляете в .gitignore. А в vcs коммитете файл .env.example, в котором присутствует только "скелет" параметров без значений. Тому, кто будет устанавливать ваше приложение будет необходимо переименовать файл .env.example в .env и заполнить необходимые опции. Значения из этого файла можно получить по средствам функции env(). Эту библиотеку, кстати, использует популярный php - фреймворк Laravel.