При долгом выполнении скрипта ошибка 504 Gateway Time-out. Почему?
Но скрипт продолжает выполнятся. Тоже почему?
ini_set('max_execution_time', '100000');
set_time_limit(0);
ini_set('memory_limit', '2048M');
ignore_user_abort(true);
такое стоит в скрипте.
1) Не уверен, но возможно у браузера тоже есть таймаут.
2) Возможно у вас еще стоит прокся (например nginx) которая и рвет соединение.
3) set_time_limit() работает не всегда, по хорошему надо настраивать СЕРВЕР.
Для начала попробуйте хоть чем-то ответить до основных расчетов, хоть пробел ...