Если Вы взгляните на исходники класса ActiveField (который собственно и используется при вызове метода $form->field()) то увидите что в свойстве html-опций по умолчанию прописано
public $options = ['class' => 'form-group'];
соответственно когда Вы делаете вызов метода field() в стиле
$form->field($model->main, 'alias', ['options' => ['style' => 'display:none']])
html-опции прописанные по умолчанию заменяются переданными Вами значения.
Решить эту проблему можно двумя вариантами:
1. В необходимых полях принудительно задать css-класс, например
$form->field($model->main, 'alias', ['options' => ['class' => 'form-group', 'style' => 'display:none']])
2. Для все полей формы принудительно задать css-класс , например:
$form = ActiveForm::begin([
'fieldConfig' => [
'options'=>[
'class' => 'form-group'
]
]
]);