По производительности разницы нет, по логике есть. Часто какие-то физические величины не могут быть отрицательными: длина, ширина, вес. Что бы гарантировано не допустить ошибки попадания таких данных в БД можно использовать Unsigned.
Ну и размер максимального хранимого значения вырастет что немаловажно иногда.