Потому что в result_modifier.php у тебя написано
<? $arResult["~ITEMS"][$key]["ITEMS"][]= $arItem;?>
а в template.php ты выводишь
<?foreach($arResult["~ITEMS"] as $key=>$arSection):?>
в template.php нужно выводить тогда так
<?foreach($arResult["~ITEMS"] as $key=>$arSection1):?>
<?foreach($arSection1 as $key=>$arSection):?>
<div class="cont <?=$arSection["CODE"]?>">
<div class="flaty">
<p><?=$arSection["NAME"]?></p>
</div>
<img class="shadow" src="/i/shadow.png" alt="">
</div>
<?endforeach?>
<?endforeach?>
или исправить в result_modifier.php
это
<? $arResult["~ITEMS"][$key]["ITEMS"][]= $arItem;?>
на
<? $arResult["~ITEMS"][$key] = $arItem;?>