Питоновский пакет pywinauto может делать многие действия даже для минимизированного окна (если не использовать click_input и type_keys). Пример тихой автоматизации инсталлятора для Notepad++:
stackoverflow.com/a/32847266/3648361
Если это Windows Store приложение, то лучше его не минимизировать и использовать другую технологию под капотом (pywinauto поддерживает MS UI Automation, но это надо явно включить; как включить - см. Getting Started Guide).
Ссылка:
pywinauto.github.io
P.S. Разумеется, тут нужны хотя бы начальные навыки написания кода на питоне. Генератор скриптов пока в разработке. Для Win32 приложений, правда, есть SWAPY - он умеет немного генерить код в несколько кликов. Но сложные вещи лучше самому - код красивее получится.