Например, у Visual Studio есть варианты утилит для сборки под x86 и x64, они имеют одинаковые имена, лежат в разных каталогах. Какой, прикажете, путь прописывать в PATH? Оба - не вариант - имена одинаковые, всегда будет выполняться тот, что прописан первым. Для разруливания ситуации в комплекте с VS есть спец.батники, которые настраивают среду для ручной сборки, а сама студия корректно определяет пути в зависимости от настроек проекта.
Для mingw - аналогично, у gcc - имена для всех инструментов одинаковые.
Ну и т.д., думаю причина должна стать понятно и что делать, чтоб все работало то же.
Например я запуск Eclipsa вставил в батник, где до старта самого Eclipsa запускается соответствующий батник от студии, таким образом Eclipse имеет доступ к нужному набору инструментов компиляции от студии.
Да и вообще часто пользуюсь ручной сборкой как в mingw так и компиляторами микрософт.
Средний