Сайт имеет главную страницу (серьезно?? о_О), страницы рубрик, в которых публикуются статьи, и страницы самих статей.
Нужно ли добавлять в sitemap ссылки на главную страницу и страницы рубрик, если в нем (в sitemap) уже присутствуют канонические ссылки на сами статьи?
Зависит от того чего ты хочешь и как построен сайт. В общем это только тебе решать.
Нужно только помнить об ограничениях сайтмапа и возможности создавать их несколько шт.
Новостной сайт с рубриками и статьями. Каждая статья может быть опубликована в нескольких рубриках. Хочу, чтобы в поисковой выдаче были ссылки на статьи, рубрики и на главную. Главная и рубрики показывают последние опубликованные статьи и быстро меняются.
Ну если хочешь что бы были рубрики в выдаче - тогда кинуть их в сайтмап будет не лишним. Сайтмп всего лишь ускорят индексацию того, что хочешь закинуть в СЕРП.