Тут вариантов не много, тебе нужно экспортировать схему БД продукции и использовать её как базовую (первую) миграцию. Если инструмент, который ты используешь, поддерживает написание миграции на SQL, то это избавляет от лишних хлопот переписывания всей схемы на PHP или какой-либо DSL. После этого, примени миграцию на пустой БД, убедись, что всё правильно и перенеси специальную таблицу с мета-данными о применённых миграциях в БД продукции.
UPD: Невнимательно прочёл вопрос. Ответ на вопрос: да, можно без базовой миграции, просто переносить дамп последней версии схемы. Ничто этому не препятствует.