Я не очень понял,
1) Он применяется к приложению отдельно или к JVM?
2) Он может работать без запуска своей веб-консоли? Просто складывать свои наблюдения в папку.
3) Чем эти наблюдения потом посмотреть на моей машине?
Либо смотрите какой-то третьей тулзой, на основе xml, json, csv, sql или каких-то ещё файлов/баз и.т.д.
Интегрированая тулза для исторических данных пока в разработке.
Наверное я не до конца всё же понял Ваши Requirements. На порталах www.parship.de и www.allyouneed.com решали похожие проблемы так.
Тем не менее удачи ;-)
Кстати может Вам стоит сделать систематические thread dumps и сравнивать их потом?
То есть смотреть не «какая компонента жрет время и где» (москито) а «какой thread постоянно Runnable причем на том же месте». Эдакой infinite или very long loop.