1. xdebug. ежедневно, когда правлю баги. Как вы можете без неё жить ? :)
echo/var-dump/print_r ? Они же хуже, в разы,
xdebug ускоряет дебаггинг раз в 10
2. комиты напрямую через IDE, - git, svn
Почти не пользуюсь сторонними приложениями для этого.
Git так вообще очень удобно мержить, решать конфликты и тп.
3. терминал внутри IDE - очень удобно для запуска того же gulp, composer install, и тп
4. Авторефакторинг при переименовании классов, неймспайсов и тп.
5. Перемещение файлов.
Подумайте подругому:
Какие вы программы используете в работе ? И можно ли всё это объеденить в одной программе.
Например, я использую:
1. бразуер
2. SQL редактор (периодически)
3. Phpstorm
Если бы в шторме был удобный SQL редактор, то наверное я бы и его использовал :)