После миграции на Webpack 2 обнаружил, что вебпак больше не содержит полифиллов на некоторые ES6 возможности, например Promise, и их нужно добавлять самостоятельно.
При использовании transform-runtime, необходимые полифиллы добавляются, но - папка node_modules в конфиге в исключениях для babel-loader, в противном случае как минимум сборка замедляется в разы.
И, если импортируемый код из node_modules содержит ES6 и выше - transform-runtime этот код не обрабатывает, что конечно ожидаемо, но при этом приводит к критическим ошибкам в браузерах, которые эти возможности не поддерживают.
Для решения, пришлось использовать babel-polyfill, но этот плагин несет много лишнего кода, что как раз можно избежать используя transform-runtime.