Еще документ Excel можно сохранить в каком нибудь XML-ном формате. Например в ODF-подобном (OpenOffice его также использует). При этом, в отличие от CSV, вы не потеряете листы, форматирование, формулы и т.д. Эта фича вроде бы во всех совеременных версиях Экселя присутствует по умолчанию. Дальше можете парсить такой файл на PHP через XML парсер, например SimpleXML.
Я так делал, потому что парсинг нативного Эксель формата на PHPExcel требовал оооочень много машинного времени и RAM. А описанный мной способ потребляет мало ресурсов и работает быстро.
P.S.: Пугаться ручного парсинга ODF XML-ки не стоит. Разобраться на уровне достаточном для чтения листов и значений можно за пол часа, даже без документации. Там все очевидно.