Пока могу сказать, что Intel'овский гораздо легче как воспринимать, так и писать. Но GNU'шный более распостранен если речь идет о GCC (да и не только, наверное). По сути, это всего лишь разное произношение одних и тех же слов. Так есть ли какое-то кардинальное, действительно стоящее внимания отличие?
Ну, кто-то учит испанский, кто-то -- английский. А мысль то одну и ту же доносят... Кому что больше нравится.
Мне тоже поначалу интелловский казался проще, потому что привык к мануалам от интела. А со временем атэшный стал быстрее читаться.