Насколько я понял, 1С "перетирает" изменения.
Переделать — как основной вариант.
Как альтернатива — поднять параллельно другой каталог. Первый синхронизируется из 1С, второй — внутри сайта с первым. И второй предназначен для публикации в публичной части. Связь с 1С по XML_ID товаров (ведь заказы ссылаться будут на товары уже из второго каталога), либо перехватывать во время оформления заказа и в заказ формировать товары из первого каталога...
Возможно, всё-таки переделать =)
Кстати в Битриксе есть возможность сделать выгрузку из сайт в 1С, чтобы там создалась структура такой, как на сайте.