В общем, варианты, как я понял, такие:
1. Смириться и просто использовать переменную окружения
"NODE_ENV=production"
2. Использовать пакет
express-pug-cache-helper. Но тут нужны 2-а экземпляра express. Один - для основной работы, другой - для кэширования шаблонов.
3. Использовать
предкомпиляцию шаблонов с костылями, затем на produсtion подменить шаблонизатор.