при подмене ссылок запросто можно пропустить ссылки в js.
то что вы делаете плохо попахивает, в плане безопасности юзеров. для многих сайтов конечно сработает, но не для всех, особенно там где есть хоть какая то защита (защиты от ddos, проверка ип и тд).
вообще если уж такую хрень делать, то это делается через расширения браузера.
расширения могут сливать ваши куки, пароли и тд, так что они как раз сделаны для ваших целей )