1. Проверить, чтобы инфоблоки готовых решений были привязаны к первому сайту.
2. Скопировать все файлы старого сайта в какую-нибудь папку old на всякий случай.
3. Перенести файлы из папки сайт.ру/новый сайт в корень.
4. Проверить пути в инфоблоках и в настройках компонентов (если в компонентах настроено ЧПУ, то оно будет там идти начиная с /новыйсайт/ и не будет нормально работать на основном сайте).
5. Если подключались меню вида ext, проверить чтобы в них было правильное ЧПУ проставлено.
6. Проверить наличие файлов .access.php, htaccess, robots.txt и их содержимое.
Возможно есть еще что-то, но это уже будет уникально под каждый проект, тут я не угадаю.
