Если не с программной стороны, а с точки зрения UX со стороны заказчика - это зло. Заказчики пугаются необходимости самостоятельно или даже "кнопкой" в визуальном редакторе вводить шорткод. Это же ужасная злая магия, когда короткое выражение выводит целую простыню.
Если шорткоды использовать для вывода чего-то в шаблонах, недоступных для редактирования заказчику, это безусловное добро и так и надо делать.