Именно в таком виде непосредственно из базы не выбрать, надо будет преобразовывать на клиенте.
SELECT `u`.`id`, `u`.`name`, `u`.`surname`, `l`.`id`, `l`.`date`,
`v`.`was`
FROM `users` AS `u`
JOIN `in_groups` AS `g` ON `g`.`user_id` = `u`.`id`
LEFT JOIN `lessons` AS `l` ON `l`.`group_id` = `g`.`group_id`
LEFT JOIN `visit` AS `v` ON `v`.`lesson_id` = `l`.`id`
AND `v`.`user_id` = `u`.`id`
ORDER BY `u`.`surname`, `u`.`name`, `u`.`id`, `l`.`date`, `l`.`id`
P.S. В таблицах `visit` и `in_groups` поле `id` лишнее, там первичные ключи должны образовываться парами (`lesson_id`, `user_id`) и (`user_id`, `group_id`) соответственно.