1. железо играет немаловажную роль
2. из коробки линукс не оптимален также, поэтому см пункт 3
3. ядро линукс кастомизируется. оставляем, то что нужно - выкидаем остальное. у винды ядро закрытое, поэтому каждый вендор клепает свои драйвера и т.д., что вообщемто както косвено влияет
4. на линуксе админ компилирует ПО с CPU флагами конкретного процессора и с конкретными фичами. виндовые вендоры дают все в одном флаконе.
5. реестр винды - это яд ядовитый и зло великое (сорри за лирику-накипело). в линуксе все конфиги текстовые и разобраться не составляет труда. даже если система упала - грузимся с лайф-сиди и все доступно. восстановление винды - это тот еще секс
6. веб-сервер в линуксе - с обновлением проблем нет. для обновления IIS - "будьте любезны прикупить винду следующей версии"
7. ну про то, что на линуксе антивирус не нужен - это ясно. можно, но потребности особой нет, если конечно у Вас не почтовик или прокси, где нужно проверять "транзит" идущий потом в винду :-)
8. с обновление ОСи любого юникса проблем нет, как правило
9. однако жирный плюс винды - это их серверные версии. да, нужно признать, лучше windows server ничего не придумано. терминал тоже весьма хорош
10 ну и цена.
поэтому спор какая система круче - бесперспективен. выбирать ОС нужно по потребности
