Собрал ваш пример на jsfiddle
https://jsfiddle.net/bfqpfj91/$('.box_btn').click(addTask); привязывает ф-цию addTask ко всем кнопкам с классом box_btn, какие найдет. Получается, что когда вы трижды нажали кнопку "Add TODO List", то на первой кнопке "Add task" будет уже три обработчика, на второй два и на третьей один.
Ну и вообще у вас жестокая смесь ванильного js и jQuery, как вы сами в этом всём не путаетесь - хз.
UPD: немного переписал, сократив код раз в пять и сделав его чуток более читабельным
https://jsfiddle.net/bfqpfj91/3/
1. Выбросил адскую генерацию html из кода. Вообще, лучше шаблонизатором такие штуки делать, но для jsfiddle покатит и так.
2. Вынес все обработчики в начало файла и перевесл их на #contentBlock. Нет смысла дублировать привязывая к каждой кнопочке отдельно.
3. Переписал editTask на contenteditable, теперь там всего пара строк кода.
4. Вынес в CSS иконку dragHandle и выбросил fixHelper т.к. непонятно что он там делает.
Простой
