Поскольку у вас сайт, по всей вероятности, построен на использовании фиктивных файлов, обработка которых делается в index.php, то именно в нём вы должны добавить обработку недействительных обращений.
Если же сайт не использует фиктивные файлы, и вы просто бездумно скопипастили конфиг откуда-то - просто уберите вызов index.php