при загрузке страницы, читать файл с сохранёнными настройками, и на стороне сервера на условию, добавлять checked нужному пункту. Или всё сложнее?
<input type="radio" name="foo" <?=($var1 == $var2) ? "checked='checked'" : ""?> value="bar" />
Примерно так.