Вам на помошь придет package.json
в котором будут перечислены все сторонние модули например так
"dependencies": {
    "express": "^4.14.0"
  }
а когда клонируем репозиторий, то выполним 
npm install и все модули сами скачаются в папку node_modules.
читайте документацию npm