Приходилось делать такое =)
Как я делал. Сначала переработал бд, затем переписал CI под эту бд. Поставил все на рабочий сайт. Потихоньку начал переделывать морду сайта ипользуя Yii2 (на зеркале) не добавляя ничего нового. Просто повторяя тот старый функционал(благо его немного). Когда морда была закончена и протестирована - поставил ее. Админка уехала на домен 3 уровня и осталась на CI. Чуть позже также была переделана с минимальным необходимым и установлена как рабочая.
Самым трудным было переписать код игнайтер под новую бд, т.к. бесил до состояния "аж трисет!". Но если базу не надо переделывать, то тут вообще нет проблем. Просто брать и пилить все по новой. А старое пусть работает пока так.
Совмещать 2 фреймворка, как написал
index0h: это по моему черезчур усложнено. Тут главное не торопится =) Хотя, наверное, смотря какой проект...