Не знаю как сейчас, но лет эдак 5 назад, я помню, у Apache'а было 2 режима работы на эту тему:
а) Нормальный режим
б) Режим автоматического создания поддоменов на основе файловой системы (т.е. создаёте папку - она становится поддоменом)
В режиме "Б" была такая особенность, что при создании поддомена таким образом, физически в конфигурации сервера этого поддомена не присутствовало, вернее будет сказать, он наследовал все настройки родительского домена, от того и DOCUMENT_ROOT и некоторые другие настройки, могли туда попасть из домена-родителя.