Xhprof подойдёт если вы не понимаете какая часть скрипта работает медленно. А в описанном вами случае достаточно логирования. Ставите обыкновенный
microtime на начало и конец, потом нужное условие. Например, скрипт в норме работает 20 секунд, вы готовы допустить увеличение времени выполнения в 3 раза до 60. Если скрипт выполняется дольше 60 пишете в лог время, необходимые параметры скрипта, можно тут же отправку уведомления на почту себе сделать.