Не знаю, что вы подразумеваете под фильтрами.
Про C++ ничего не скажу, пишу на ASP.NET.
В Solution Explorer видны все файлы и папки, включенные в проект. Если нажать "Show all files", то можно увидеть файлы и папки, которые в проект не включены. Можно кликнуть правой клавишей по не включенному в проект файлу или папке и в контекстном меню и выбрать "включить в проект".
В итоге в подавляющем большинстве проектов (что я видел), все файлы лежат в одной директории, никак логически не разбиты и чтобы просто разобраться во всём этом мусоре - приходится включать Visual Studio.
Вообще-то структуру хранения файлов и папок продумывает программист, даже дефолтная организация хранения в проекте (Content под css, Scripts под js, bin под dll и т д ) вполне логична и разумна.