stmassalskiy: можно объединить основную таблицу с результатом агрегации промежуточной:
SELECT e.name, m2m.count FROM employee AS e INNER JOIN (SELECT employee_id, COUNT(group_id) FROM groups_employees GROUP BY employee_id) AS m2m ON e.id = m2m.employee_id;
Пример из реальной жизни: Есть таблица товаров интернет-магазина и есть таблица акций, действующих на товары. Любой товар может участвовать в множестве акций и любая акция может включать множество товаров. И нет никакого способа хранить информацию об этих связях, кроме использования дополнительной таблицы.