Словари и списки для хранения в оперативной памяти, а на диск все равно нужно как-то их записывать, если БД не подходит то сериализация в JSON или XML.
Как искать в словарях и под одним ключом хранить несколько значений?
Под ключом храните массив или список, а в нем уже значения, к слову форматы JSON и XML все это поддерживают.