Допустим мне нужно натянуть свой шаблон на такие CMS, о которых почти никто не слышал
Если это такое требование заказчика - можете еще и больше денег попросить.
Как тогда быть?
Брать дефолтный шаблон данных цмс, и смотреть что внутри
И ещё,стоит ли учитывать что-то при верстке макета,на какой движок потом буду натягивать?Т.е. верстка одного макета на 2 движка может отличаться ?
Да, может отличаться. Вы сначала сверстайте, а уже при натягивании это уже дополнительно буде учитывать особенности, если таковые есть, и на месте разбираться с ними. Ваша задача сделать из дизайна просто вёрстку. Чтобы в итоге можно было на что угодно натягивать. Так что Вам не нужно отдельно что-либо учитывать при верстке - просто делайте правильный код, а натягивание это уже следующая задача.