DTX: Во-первых, почему "неприкосновенно". Представь, ты изменил модуль, потом разворачиваешь проект на другой машине, выполняешь npm install и у тебя ставится оригинальный модуль, без твоих изменений. Приложение не работает или работает с ошибками.
Во-вторых, как исправить. В первую очередь изучить документацию, возможно требуемое поведение уже реализовано опционально. Если нет, то всегда можно форкнуть модуль, исправить и либо отправить пулл-реквест автору, либо опубликовать в npm свою версию и уже ее инсталлить в проект.