Я сталкивался с такой же проблемой в работе. Поддержка Яндекса объясняет этот момент следующим образом:
"При создании нового объявления, до того как оно будет активировано, система может использовать для прогноза ставки только примерные прогнозные значения CTR (и др. качественных показателей).
Только после того как созданные рекламные материалы попадают в аукционную систему (активизированы и прошли модерацию), система может использовать сочетание более точно рассчитанных прогнозных показателей + начинает учитывать фактические показатели.
Отображать на этапе создания рекламных материалов более точные ставки не представляется возможным, т.к. для этого необходимо отправить кампанию в систему (активизация/модерация), а это естественно, происходит только после создания рекламных материалов."