Категории выводятся с помощью стандартной функции get_terms(). Ее можно отфильтровать:
function woo_exclude_categories( $terms, $taxonomies, $args ) {
// Слаги категорий, которые надо исключить
$exclude_categories = array(
'category-one',
'category-two',
);
$new_terms = array();
if ( ! is_admin() && // не админка
is_shop() && // страница магазина
in_array( 'product_cat', $taxonomies ) // это термины таксономии 'product_cat'
) {
foreach ( $terms as $key => $term ) {
if ( ! in_array( $term->slug, $exclude_categories ) ) {
$new_terms[] = $term;
}
}
$terms = $new_terms;
}
return $terms;
}
add_filter( 'get_terms', 'woo_exclude_categories', 10, 3 );
Код на скорую руку, можно попробовать фильтровать по term_id, если так удобнее, где-то подрефакторить.