Если использовать в качестве шаблонизатора Smarty, то там есть специальный тег
{strip}, внутри которого html минифицируется и плюс к тому это происходит только один раз во время компиляции шаблона, а не при каждом запросе.
Что касается стандартных средств, попробуйте адаптировать виджет из Yii2, который занимается вырезанием лишних проблеов -
Spaceless.