Проблема была в следующем:
До строки которая выдавала ошибку, было куча кода, и когда дело доходило до нее, mysql уходил в транс по ошибке SQLSTATE[HY000]: General error: 2006 Mysql server has gone away, и PDO уже ничего не выдавало, и ругалось что таблички-то нет, а на самом деле нет коннекта к базе!!!
Решением стало увеличение wait_timeout с 10 до 60, в /etc/mysql/my.cnf