А что, они перестали "не дружить"?
В формате zip предусмотрены названия файлов в однобайтовой кодировке, которая на винде - конкретная локаль вроде cp1251, а на линуксе - utf-8.
Лечится только прямым указанием архиватору, какую кодовую страницу выбирать. Рецептов, как заставить линуксовые архиваторы писать названия в cp1251, я что-то не обнаруживал...
Adamos: точно сказать не могу. Лет 5 назад была такая проблема точно. В те (стародавние) времена пользовался и виндой и убунтой, проблемы с кодировкой были. Потом сколько-то лет спустя тоже был случай использования архива в одной ОС созданного в другой ОС(Точно не помню где) тогда все прошло гладко. Т.е. проблема до сих пор жива. Самый живучий баг.
Максим: ну, в Линуксе p7zip под этот нюанс прогнули.
А баг, собственно, неизлечимый - defective by design...
Просто не пользоваться этим устаревшим форматом. Есть же, например, 7z.