попробуйте сделать
start "cd "D:\Web\Tools\IM convert\" && .\morgify.exe -format jpg -quality 90 *.png"
думается мне, где-то с кавычками напутали, из-за этого пробел в имени каталога все портит.
только в этом случае оно будет искать все png в каталоге конвертера.