1) Если подключать скрипты друг под другом в html (списком, но все js будут .min.js)
2) Если подключать скрипты в одном файле plugins.js так же друг под другом (тоже минифицированы mi.njs)
Это зависит в первую очередь от того, поддерживает ли сервер HTTP/2. Если все в порядке, то при правильном подходе быстрее будет первый вариант (за счет того, что можно отдавать только необходимые на странице скрипты). В противном случае - второй вариант быстрее.
Gulp просто запускает задачи. Одной из них вполне может быть вдумчиво составленный процесс пост-обработки вашего JavaScript. Оптимизирует по весу что-нибудь в духе uglyfi.js, а если его недостаточно - Google Closure Compiler в режиме ADVANCED_OPTIMIZATIONS (осторожно, не гарантирует ссылочную целостность в коде)