Так надо, у W32 и W64 разные места в реестре. И в 90% случаев ничего не надо делать.
Но иногда всё-таки приходится, например:
• Есть проги для W32 и W64, и хотелось бы иметь общие настройки.
• Прога для W32 читает чужие настройки от проги для W64, и наоборот.
• У вас программа, оперирующая реестром: редактор, чистильщик, архиватор…
Тогда вот дока от M$, объясняющая всё это.
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/d...
P.S. «Работает с реестром» — это пишет свои настройки в реестр или действительно оперирует реестром, типа редактора или чистильщика реестра?