Обязательно:
* Установить и настроить SUExec, и желательно настроить так, чтобы папка сайта (например, "Public_HTML" или "www", или site1/www, site2.www, etc.) была в хомяке зверя (по SFTP удобнее будет лазать)
* Каждый зверь должен иметь свой UNIX-аккаунт и регу на MySQL-сервере (каждому одну или несколько базок)
* Желательно собрать php из исходников и запускать через CGI (SUExec работает только на CGI), можно юзерям назначать INI-файлы индивидуально (например, включать/выключать определенные модули)
Что на счёт самих CMS, средствами OS можно лишь назначить владельцем рута и штатные CMS-ные файлы сделать "только чтение". Тем самым изменять файлы самой CMS не получится ни у кого, а вот использовать - на здоровье. Только один минус: теряется возможность автообновления, потребуется рут, чтобы заменить такие файлы. На стороне MySQL от аварии не спасёт если один из плагинов коряво попытается изменить одну из существующих таблиц (тем самым испортив её), а не добавить новую, для себя.